Bilkent Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde lisans çalışmalarını tamamladıktan (2003) sonra, aynı üniversitede Halil İnalcık’ın danışmanlığında Batı Akdeniz’deki Osmanlı korsanlarını incelediği tez ile yüksek lisans diplomasını aldı (2006). Ardından Georgetown Üniversitesi Yeniçağ Avrupa Tarihi kürsüsünde Gábor Ágoston ile yazdığı “Espionage in the 16th century Mediterranean: Secret Diplomacy, Mediterranean Go-Betweens and the Ottoman-Habsburg Rivalry” başlıklı tez ile doktor oldu (2012).

İstihbarat, korsanlık, kölelik, ihtida, gemi teknolojisi, Osmanlı – Avrupa ilişkileri ve Akdeniz serhaddi gibi konular üzerine çalışan Prof. Dr. Gürkan, 14. Kadir Has Ödülleri’nde Gelecek Vadeden Bilim İnsanı Ödülü’ne layık görülmüştür. Aynı yıl Sultanın Casusları adlı kitabı Türkiye Bilimler Akademisi Bilimsel Telif Eser Ödülü’nü alırken, kendisi de gene Türkiye Bilimler Akademisi’nin verdiği Üstün Başarılı Genç Bilim Adamı Ödülü’ne hak kazanmıştır.

Omnibus, Pena ve Flu TV’de birçok tarih programı hazırlamanın yanı sıra, Ottoman History Podcast’in kurucu editörlüğünü de yapan Gürkan, TÜBA Genç Akademi üyesidir.